鲜胚和囊胚各有优缺点，单单就胚胎质量而言囊胚因为是经过5天时间培养，二次筛选发育后的，所以相比鲜胚有着更高的潜力，移植后成活率较高。但囊胚也有缺点，那就是养囊胚的风险较大，养囊失败的案例也较多。
在IVF中，囊胚是胚胎体外培养的终末阶段，它通常形成于卵子受精后的第5-7天。自然状态下，人类胚胎以囊胚的形式植入母体。因此，不难理解，进行囊胚移植，能获得较高的胚胎植入率，但并非囊胚就比鲜胚好：
囊胚的缺点在于培养要求条件高，由于实验室培养条件或胚胎自身原因，胚胎可能会停止发育或退化，导致没有胚胎可移植；
囊胚培养可能浪费较多的卵裂期胚胎：由于体外培养环境终究不是体内自然环境，延长培养时间，可能使一部分能够着床的卵裂期胚胎退化；
而鲜胚直接用来移植的话其手术花费的成本较少，并且不会有无胚胎可植入的困境，而且鲜胚移植减少了冷冻、解冻复苏的过程。
鲜胚是相对于冻胚而言的一个概念，但在临床上一般是指培育2-3天的胚胎，而囊胚是指培育5-7天的胚胎。最终选择鲜胚与选择囊胚各有利弊，需在医生指导下选择适用自己的移植方案。

总的来说，鲜胚的借卵代生移植的优点就是治疗的周期比较短，生殖技术的水平也是最成熟的，自然成功率就更高。囊胚的时间长，养囊比较困难。代生试管供卵移植鲜胚是精子和卵子形成的受精卵经过三天的培育然后进行移植，囊胚则一般是需要培育到第五天左右。
需要注意的是，囊胚还分为鲜囊移植和冻囊移植。胚胎转化成囊胚后一般是在一个较大的空腔中，囊胚聚集了很多细胞团，他们则是后期胎儿发育的相应器官，总的来说囊胚是依附在胚胎内壁细胞上的。培养成功后直接移植就是鲜囊移植，冷冻后再解冻移植就是冻囊移植了。